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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已体现出广泛的的海洋生物几丁质酶，包涵抗肿癌和抗病力毒帮助。一般性，三萜是利用甲羟戊酸有效途径合并的，并从绿色绿色植物和细菌中生成。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上刊登了一篇“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的科研文献资料。该科研发掘三萜类氧化物野生野生灵芝酸（GA）是完成溶液致力于的无柄野生野生灵芝菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生态学导出出现的。使用转录组和蛋白酶酶质组学水平进一大步宇宙探索无柄灵芝粉粉菌丝体中DHT出现两种类型灵芝粉粉酸（GA）的机制化，并要根据两组学水平判断到的差别的基因组和差别的蛋白酶酶，预测出DHT 生态学获得 GA 的渠道。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录酚类化合物析和用途分类管理

顺利通过对无柄虫草真菌孢子菌丝体实现转录组测序共有67230个转录本和1429九个单表观遗传。在那些单表观遗传中，49俩个被技术鉴定为相互影响把你想表达出来方式方式表观遗传（DEGs），中间213个把你想表达出来方式方式上涨，279个把你想表达出来方式方式调整（图1A）。GO动物含有探讨后，DEGs分动物期间（BP）、肿瘤细胞膜基本成分（CC）和碳原子作用（MF）3类。在BP种类中，发现了前三子种类：抗生素类分解的基础产生转化期间，冰醋酸盐基础产生转化期间和甲酸盐基础产生转化期间;而在CC种类中，肿瘤细胞膜外区、突触结合体、突触组成部分是前三亚类。对于那些MF种类，甲酸脱氢酶（NAD）吸附性酶、阳极氧化恢复酶吸附性酶和酸氨（或酰胺）拼接酶吸附性酶是前三亚种类（图1B）。在DEGs的KEGG电磁波径路探讨中，前30条动物含有度最好的电磁波径路有27条归属于基础产生转化，中间二氧化氮基础产生转化、乙醛酸盐和二羧酸盐基础产生转化、丙酸盐基础产生转化电磁波电磁波径路明显动物含有（图1D）。

图1|转录混合物析和的功能种类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

来对无柄野生灵芝细菌菌丝体来蛋清酶质组学阐述，大概确定好了16,457种独特性肽、2606种蛋清酶质和2588种降钙素原检测蛋清酶质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的淘汰水平下，没有你2606种蛋清酶质中，94种被鉴定结论为一定的差异性形容出来蛋清酶（DEPs），进来52种调涨，42种再降（图2A），图2C展现了一定的差异性形容出来蛋清酶的聚类浅析阐述热图。从GO阐述了解，BP行业类别展现，几乎数DEPs参与进来冰醋酸盐排泄操作环节、抗菌素可采取分解排泄操作环节和性药物可采取分解排泄操作环节。CC类DEPs在体组织外区、过脱色物酶体和微体中平均水平极限，脱色恢复原酶几丁质酶和甲酸脱氢酶（NAD）几丁质酶在MF类中DEPs的标准极限（图2B）。与转录组但是差不多，KEGG的数据信号信号通路阐述展现，大量DEPs在排泄中含有，进来3条最含有的渠道是光合微生物工程中的碳调整、碳排泄和MAPK的数据信号的数据信号信号通路（图2D）。因此，来阐述GO的sql的CC对DEPs来亚体组织导航定位阐述和引用（图2E），DEPs基本分布图在体组织质（40.66%）、体组织膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），概念上是GAs微生物工程合出的基本具体位置。

图2|蛋白酶质组的降钙素原检测分享和基本功能认可

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

营生物转为和剖析组备选DEGs和DEPs制作方法了维恩图，有20个差异性展现爱染色体（图3A）。对转录组和淀粉酶质组中E组和C组共分的DEGs/DEPs开展聚类分享法分享，得知mRNA和淀粉酶质相互相互有11个上浮染色体和1个调低染色体，DEGs和它的翻译英语的DEPs展现爱水准呈正涉及到，因为Pearson的涉及到数值分享，在转录组和淀粉酶质组相互相互检测工具到相较高的涉及到性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）加测数据显现，E组和C组11个大概DEGs的表明水平面差距重要，这其中9个为调涨DEGs，4个为再降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表明发展与转录多组分析数据不一。

图3|蛋白酶质组的降钙素原检测定量分析和功能模块查证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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