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网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿平台化最喜欢见的消化道疾病产品之一。肾组织开展中CaOx晶状体过过饱和堆积会会产生肾小管人体细胞损害和凋亡,而会产生肾结石的确立。短链皮下乳酸酸由消化道内厌氧厌氧发酵革兰氏阴性菌厌氧发酵营养膳食玻纤会产生,不仅能在产品局部消化道深层中展现效用,又很在平台化质量上也展现要点效用。进来,丁酸是最多种多样的短链皮下乳酸酸,兼具免疫检测缓和和免疫检测缓和效用,本探析研究综述丁酸对CaOx肾结石的效用和其暗藏靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山的医院泌尿整形外科吴忠副教授、周子健博士生于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠讲师、周子健搏士在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱生态学与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了网上药理学学服务质量,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

散文名号:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 潜在客户标准:华山医阮 分析对象图片:大鼠、HK-2神经细胞 好友分组信息查询:剖析组(Con)、型号组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱给出系统:在线药剂学学验测

难点步骤图

学习导致

分析人群应先实现大鼠沙盘沙盘整治,凭借生理上血生化指数和进行疾病学脱色等分析科技手段察觉到丁酸能才能减少CaOx沙盘沙盘整治大鼠肾CaOx单晶体的建立和断裂,改进CaOx沙盘沙盘整治大鼠的细菌感染断裂和腐蚀化学物质的过早抒发。再者,丁酸还可压制草酸分析的HK-2血人体细胞断裂、腐蚀应激反应和血人体细胞凋亡。 为蜡烛燃烧实验丁酸设计和靶dna网路,探究人士从PubChem查看丁酸和丁酸酯的二维和三维立体设计(图1A)。在PharmMapper大动态数据源库和Uniprot大动态数据源库操作后共需求出1115个丁酸靶dna供进步研究。将dna列表页导出STRING大动态数据源库,进行PPI网路研究。Cytoscape写出了排顺的前20的交通核心靶dna的图解网路图,涉及到CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。以下交通核心dna与网路中的另一dna均的表现出肯定的为必要性内容性,讲解以下dna会产生着联合效应。GO和KEGG研究揭露了丁酸交通核心dna的为必要性内容经过和生物技术制品学性能(图1C)。交通核心dna最主要的的与类固醇缴素对答、防硫化应激不良反应性对答、特异性氧細胞对类固醇缴素刺击的生理症状或对偏酸化学工业有机化合物的生理症状相关。综合上面的所说,以下交通核心dna最主要的的体验了防硫化应激不良反应性和对特异性氧的生物技术制品生理症状的过程 ,是肾结石造成机理中至关为必要的经过,这反映丁酸会在肾结石中产生为必要效应。

图1| 丁酸组成与靶基因组电脑网络分折(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进一部不断探索丁酸对CaOx肾结石着实切靶什么是DNA遗传,科研考生充分利用GEO资料库对GSE73680中的健康比与CaOx肾结石病患的什么是DNA遗传区别做好了科研。比组与CaOx结石病患的更为明显性区别呈现什么是DNA遗传(DEGs)检测的标准为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共筛分到3783个什么是DNA遗传展开更为明显变现,这当中3379个(89.4%)什么是DNA遗传呈现上浮,404个(10.6%)什么是DNA遗传呈现变动(图2A)。对DEGs做好聚类分析法浅析浅析,热图凸显了前10个被选中DEGs的二维分段聚类分析法浅析特证(图2B)。继而,科研考生顺利通过GeneCards资料库手工鉴别了370个可以与CaOx肾结石有关的的什么是DNA遗传,排行榜前20位的预估什么是DNA遗传以及有关的性评级如2C如图。考虑到查到丁酸的治疗CaOx肾结石的重要的靶点,科研考生将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石有关的什么是DNA遗传处理受到了个Venn图。然后,CYP2C9被确实为丁酸影响力CaOx肾结石的内在靶点(图2D)。另外,科研考生还做好了丁酸与CYP2C9的碳原子连通,CYP2C9的四个安基酸残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸共同效果,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在利用在线药理学学予测CYP2C9是丁酸危害CaOx肾结石的靶基因遗传后,研究探讨员工还利用组织实验英文得知了CYP2C9可消减草酸分析的HK-2组织的ROS水平面、感染挫伤和凋亡。

图2| 大多数据库聯合介绍预估CYP2C9是丁酸功能于CaOx肾结石的靶什么是基因

研究分析结果显示

本探讨第一方面得知丁酸在身体外和身体内均能促使CaOx肾结石类别的防空气氧化应激反应反应和支原体感染损害,后来能够 数据网咯药学学淘汰实现丁酸危害CaOx肾结石的自身靶点——CYP2C9,后来能够 生殖细胞系实验性可确认CYP2C9在草酸盐分析的HK-2生殖细胞系ROS总体水平、支原体感染损害和凋亡。这部分得知反映丁酸可能能够 促使CYP2C9来促使CaOx肾结石的防空气氧化应激反应反应,降低支原体感染损害。此历程中拜谱生态学带来了数据网咯药学学系统服务质量保障,除此之外拜谱生态学可增长比较成熟进一步优化的dna组学、蛋清质组学、代谢率组学等多个学物料及系统服务质量保障,欢迎语转达管理咨询! 分类期刊论文:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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